Karamanoğulları Beyliğinin İlhakı (1397)
Bayezid, Niğbolu zaferinden sonra Bursa'ya geldi. Tahta henüz çıktığı dönemlerde başlayan isyan hareketlerini bastırmak için yürüttüğü faaliyetler yarım kalmış, önce İstanbul'a ardından Balkanlara geçmek zorunda kalmıştı. Karamanoğulları Beyi Alaeddin Ali, Bayezid'in Haçlılar ile giriştiği mücadeleden istifade ederek Osmanlı topraklarına katılan eski Hamidili topraklarına taarruzlarda bulunmuştu. Daha önce defakez affettiği Alaeddin Ali Bey aynı hatayı tekrar yapınca Bayezid'in gazabından kurtulamadı. Bayezid, ordusu ile Konya'ya yürüdü. Alaeddin Ali, bir kısım kuvvetlerle Bayezid'e karşı koymaya çalışsa da Akçay bölgesinde yapılan savaşta ordusunun mağlup olması üzerine Konya kalesine sığındı. Bayezid şehri kuşatıp teslim aldıktan sonra Alaeddin Ali'yi yakalatıp öldürttü. Böylece Karamanoğulları tehlikesi tümüyle bertaraf edilmiş, toprakları da ilhak edilmiş oldu.

Sivas'ın Fethi (1398)
Kadı Burhaneddin daha önce Bayezid ile iki kez karşı karşıya gelmiş, iki cenkte de Bayezid'i mağlup etmeyi başarmıştı. Bayezid, Anadolu beylikleri ile giriştiği mücadeleleri yarım bırakmak zorunda kalıp Balkanlara geçmişti. Bayezid Balkan seferlerinden dönüp Karamanoğulları ile meşgul olurken Kadı Burhaneddin, isyan eden yeğenini yakalamaya uğraşıyordu. Yeğeni Şeyh Müeyyed, Akkoyunlu Devletine sığındı. Bu husumet sebebiyle Kadı Burhaneddin ile Akkoyunlu devleti arasında savaş meydana gedi ve bu savaşta Kadı Burhaneddin savaş meydanında öldürüldü.

Kadı Burhaneddin'in ülkesi, hükümdarlarının öldüğü haberini alınca şehri alması için Bayezid'e elçi gönderdiler. Bunun üzerine Bayezid ordusu ile birlikte gelerek şehri ilhak etti. Buraya oğlu Emir Süleyman'ı bıraktı ve yeni fetihler için yola çıktı.

Bayezid'in fetih güzergahında Memlük Devletine bağlı Elbistan, Malatya, Behisni, Kahta ve Divriği vilayetleri bulunuyordu. Bu vilayetler Memlük Devletinin uç beylikleri durumundaydı. Memlüklüler bu beyliklerin savunması için bir aksiyon alamıyordu ve fetihleri sulh yolu ile yapılmıştı. Ancak Murad Gazi döneminden beri Memlüklüler ile geliştirilen iyi ilişkiler sona ermiş oldu. Osmanlılar ile Memlüklülerin aralarının açılması elbette Anadolu'yu garaz edinen Timur'un işine yaradı.

4. İstanbul Kuşatması (1399)
Bayezid, Anadolu'da ki fetihlerini tamamladıktan sonra yarım kalan İstanbul kuşatmasını tamamlamak üzere yeniden Bursa'ya geçti ve hazırlıklarını tamamlayarak tekrar Bizans surlarına dayandı. 1. İstanbul kuşatmasından beri devam eden abluka neticesinde Bizans karadan yardım alamıyor, ikmal ve ulaşımını deniz yoluyla sağlayabiliyordu. Osmanlı'nın donanma kuvvetleri denizden abluka yapabilecek kadar kuvvetli değildi. Buna rağmen Gelibolu'da az sayıda da olsa ticaret gemilerini engellemeye yetecek bir kuvvet konuşlandırılmıştı. Fransız Mareşal Boucicaut Bizans'ın isteği üzerine gönderdiği donanma kuvveti ile Gelibolu'da az sayıdaki Osmanlı donanmasını vurarak Bizans'a yardım ulaştırdı. Bizans bir süre daha ikmal edilmişti ancak bu durumun devam etmesi durumunda düşmesi kaçınılmazdı. Artık İstanbul'un fethi an meselesi olmuştu.

Bizans'ın beklediği mucize Doğu'dan geldi. Timur, Anadolu'ya girmişti (1399). Bayezid'den kaçan Saruhanoğlu ve Menteşoğlu beyleri Timur'a sığınmışlardı. Bayezid'de buna misilleme olarak Timur'un gazabından kaçan Ahmed Celayir ve Kara Yusuf'u hizmetine kabul etti. Bu durum Timur'u çok kızdırdı. Timur ile Bayezid bu durumla ilgili mektuplaşmışlar, mektuplarda birbirlerine meydan okuyup hakaretler etmişlerdir. Yaşanan olayların neticesinde Timur Anadolu'ya ilk seferini gerçekleştirerek Erzincan'a ulaştı. Erzincan Emiri Timur'u hediyelerle karşılayarak itaatini bildirdi (1399). Timur kendisinin itaatini kabul ederek fethetmek üzere Sivas'a geçti (1400).

Timur ve Sivas Kalesi Vakası (1400)
Timur'un Sivas kalesini almak üzere yaptığı kuşatma ve kalenin teslim oluşu sonrası yaşananlar bir takım yanılgılar ve söylenceler üzerinden mülahaza edile gelmiştir. Bu meseleyi rasyonel bir bakış açısıyla değerlendirmek ve tarihe doğru kanaatler ile not düşmek gerekmektedir.

Bilindiği üzere Timur, Bayezid ile giriştiği mücadeleler neticesinde Anadolu'nun hakimiyeti garazı ile karşı karşıya gelmiş, Ankara Savaşında iki Türk Devletinin çarpışması ile Osmanlı 51 yıl boyunca bağımsızlığını kaybederek İlhanlı hükümdarlığının tahakkümü altına girmiştir. Bu vakanın ilk merhalesi olan Erzincan ve Sivas meseleleri anlayabilmemiz için Türk Tarihine bakış açımızı tazelememiz elzemdir.

Osmanlı tarihi, Timur vakasını Osmanlı lehine yorumlamış, bu bakış açısı ile vakanın gerçekçiliğinden uzaklaşılmıştır. Bunun bir sebebi de bu vakanın Osmanlı kroniklerinde ve literatüründe kesin ifadelerle belirtilmemiş olmasıdır. Kesin ifadeler ve tartışmasız bulgular mevzu bahis olmadığı için bu muğlaklık halk söylenceleri ile doldurulmuş ve vahim bir yanılgı tarihi bir vakaymışçasına bir takım çevrelerce benimsenmiştir.

İddia şudur ki; Timur, Sivas Kalesini kuşattığında kale kuvvetli bir direniş göstermiş, nihayetinde kale kumandanı Malkoçoğlu Mustafa Bey daha fazla direnemeyerek kan akıtılmaması şartıyla kaleyi teslim etmeyi kabul etmiştir. Ancak Timur, kaleyi teslim aldıktan sonra tüm Malkoçoğlu Mustafa Bey'i, Osmanlı askerlerini ve boyunlarında Kuran asılı olan çocukları fillerin ayaklarının altında ezerek katleder.

Bu afaki iddianın kaynağı, Osmanlı Seyyahı Evliya Çelebi'nin Sivas seyahatinde halktan dinlediği, söylenceleri kaleme aldığı Seyahatname adlı eserinin 155. sayfasındaki ifadelerdir. Söz konusu iddiayı hakikat addedenler, Seyahatname'de belirtilmeyen bir söylenceyi de iddialarına ekleyerek 70 Bin gibi bir rakam telaffuz ederler.

Açıkça anlaşılacağı üzere söz konusu kaynaklar bir zabıt, kayıt ya da hatırat değil doğrudan halk nezdinde dilden dile anlatılan söylencelerden ibarettir ve vakanın yaşandığı tarihten 3 asır sonra sonra kaleme alınmıştır. İfadelerin gerçekçiliğine itibar etmek, halk arasında dilden dile gezen söylencelerin gerçeği ne denli yansıtacağı ile doğru orantılıdır.

Meselenin hakikatine gelecek olursak; Timur, Bayezid ile giriştiği mücadele neticesinde önce Erzincan'a gitmiş, kaleyi sulh ile teslim aldıktan sonra Sivas'a yönelmiştir. Sivas kalesi gerçekten fevkalade bir direniş göstererek mukim surları ile Timur'a geçit vermemiştir. Malkoçoğlu Mustafa Bey'in kan dökülmemesi karşılığında teslim olmaya razı olması da yine kroniklerde açıkça belirtilmektedir. Ancak hakikat şudur ki; Timur kaleyi teslim aldıktan sonra kalenin savunmasında vazifeli askerlerin içerisinde Ermeni kuvvetlerinin bulunduğunu müşahede etmiştir. Bu kuvvetler daha önce zapt ettiği Erzincan kalesi çevresinde yağma hareketleri yürütmüştü. Timur, hem aleyhinde yapılan bu eylemlerin müsebbibi olmaları hasebiyle Ermeni kuvvetlere, hem de gayrimüslimlerle iş tutmuş olmaları hasebiyle Mustafa Bey'e hiddetlenmiştir. Belli ki kale alınmadan evvel bu durumdan haberdar değildi ve anlaşmayı bu sebeple kabul etmekte beis görmedi. Kaleye girdikten sonra ise durumu fark etti ancak kan dökmemeye söz vermiş bulunduğu için kendince sözünü çiğnemeden hükmünü vererek canlı vaziyette gömülmelerini emretti.

Buradan anlaşılacağı üzere Timur, sivilleri değil doğrudan kale kumandanı Mustafa Bey ve emrindeki askerler hakkında hüküm vermiştir. Bu hükme katliam arzusu ile yapılmış bir hareket olarak bakamayız. Zira öldürülmeleri emrini vermesinin iki temel sebebi vardır bu ve sebepler Timur'un kalede vazifeli Ermeni askerlerini fark etmesinden sonra ortaya çıkmıştır. Birinci sebep Osmanlı'nın Ermeni kuvvetlerle birlikte hareket ediyor olmasıdır. İtikadı konularda kendisini haklı addetmesi durumunda kendi sınırlarını kendi belirleyen Timur, Mustafa Bey'in gayrimüslimlerden medet ummalarına hiddetlenmiştir. İkinci sebep ise Ermenilerin daha evvel Erzincan dolaylarına giriştikleri yağma ve vur-kaç eylemleridir. Zira bu vaka kalenin fethinden ayrı bir vakadır.

Timur'un eylemlerini yorumlarken kendisinin kültürel ve siyasi arka planını da doğru yorumlamak gerekir. Timur, kendisini İlhanlı Devletinin devamı addetmekte ve Cengiz Han'ın Devletini yüceltme misyonunu üstlenmekteydi. Bu misyonunu İslam'ın gaza ideolojisi ile birleştirmiş, her ne kadar itikadı olarak kuvvetli bir inanca sahip olsa da giriştiği savaşlarda Moğol ruhu ve acımasızlığı kendini hissettirmiştir.

Sivas Kalesi vakasında Timur'un eylemlerini canice ve gaddarca addetmek yanlış olacaktır. Zira söylencelerde mübalağa edildiği gibi siviller katledilmemiş, doğrudan kale kumandanı ve Ermeni askerler Timur'un gazabına uğramışlardır. Timur'un gerek Anadolu'ya girmeden önceki gerekse Sivas Kalesi vakasından sonraki eylemlerinde siviller üzerinde herhangi bir eyleme tevessül etmediğini de göz önüne alacak olursak Sivas Vakasının tarihsel gerçekler ışığındaki çıkarımı özetle şudur; Bu eylem, çağın askeri teamüllere göre şiddetli ve acımasızca bir cezalandırmadır.